As ilhas Galápagos foram avistadas pela primeira vez no dia 10 de março de 1535, tendo sido comunicado o achado ao Rei de Espanha em carta datada 26 de abril de 1535, pelo bispo Frei Tomás de Berlanga, da ordem dos Dominicanos. Ele era bispo do Panamá, e fora incumbido pelo Rei Carlos de ir ao Perú para mediar um conflito entre dois governantes espanhois, para estabelecer os limites entre Peru e Chile. No entanto, uma calmaria e fortes correntes levaram o navio para norte e, como estivessem com provisão muito restrita de água, decidiram aportar nas ilhas desconhecidas que avistaram. Eles desceram, acreditam os histpriadores, na ilha que hoje se chama Española, que quase não possui solo,  e  Floreana, na qual há um pequeno fio de água doce. De lá, exploraram outras duas ilhas, que se acredita serem Isabela (a maior do arquipélago) e Santa Cruz (a segunda maior ilha do arquipélago), pois essas possuíam montanhas e vegetação arbórea, o que indicava maior disponibilidade de água doce. É interessante que, nessa carta, já aparece a descrição das iguanas e das tartarugas gigantes (“higuanas, galapagos” fig 1); estas últimas forneceriam o nome pelo qual o arquipélago viria a ser conhecido.

Fig 1 – Trecho da carta do bispo Tomás de Berlanga, ao Rei de Espanha, no qual ele dá conta do descobrimento das Ilhas Galápagos (26 de abril de 1535).

Ao descerem na primeira ilha, estavam já sedentos e não encontraram água, mas cactáceas parecidas com as que eles já conheciam do continente, do gênero Opuntia. Ele relata que recorreram a seus cladódios, “não muito saborosos”, como escreveu, mas que ajudaram a aplacar sua sede. Em seguida, encontraram alguma água doce na ilha próxima (provavelmente na Ilha Floreana), e encheram os barris do navio.

As Ilhas Galápagos têm origem vulcânica, resultando de atividade relativamente recente, que teve início entre 10 e 12 milhões de anos. As ilhas mais antigas são San Cristóbal e Espanhola, que teriam emergido do mar entre 2,8 e 5,6 milhões de anos. A cratera de um antigo vulcão em San Cristóbal acumulou água da chuva e é hoje a maior reserva de água doce do arquipélago. Foi justamente devido a isso que o navio em que viajava Charles Darwin aportou em setembro de 1835 primeiro nessa ilha, que nos mapas ingleses era chamada Chatham, e por ali permaneceu por cinco semanas.

Darwin desceu em terra na ilha San Cristóbal (17 de Setembro), depois Floreana (25 de Setembro), e, enquanto o Beagle passava por reparos, visitou Isabela (2 de Outubro e Santiago (8 de outubro). Uma vez pronto, o Beagle partiu sem antes de deixar de coletar tartarugas, que serviriam de repasto na viagem, e se reabastecer de água.